回答：

工程已经交付两年之久，可以认为工程质量合格，你有权要求付款，而且应当及时行使请求权。
关于没收非法所得，尚未见法院在具体实践中这样操作。

补充：提问者的顾虑可能在于，工程虽然属于未经验收而使用，但是，由于合同无效，是否还可以按最高法院的司法解释，认定合同无效？
个人认为，在最高法院解释中，并没有对合同有效或无效时，未经验收而使用是否可以认定工程质量合格作区别对待，而是作了统一的规定。因此，在合同无效的情况下，仍应当认定工程质量合格。